Des tâches particulièrement difficiles ne sont confiées qu'au département d'élite de la CIA. Les gens au hasard n'arrivent pas ici et une équipe soudée de spécialistes, comme une escouade de super-héros, assume des tâches impossibles. Après l'échec de la faction Apostle, les autorités ne font pas confiance à Ethan Hunt. Le dirigeant du FMI doit prouver qu'il reste déterminé à protéger les populations des menaces. Son équipe devra travailler dur pour attraper les membres restants du Syndicat en liberté.
De plus en plus, les terroristes se rappellent eux-mêmes en menant des actions dans lesquelles des citoyens innocents d'Amérique souffrent. Les armes achetées au marché noir sont distribuées dans tout le pays. Alana Mitsoplis est impliquée dans cela, et elle a un motif personnel de vengeance sur Ethan. Et son objectif est d'avoir le temps d'empêcher une explosion majeure. En cela, il est aidé par Luther Stickell, l'un des meilleurs techniciens de l'information au monde, Benji Dan et Ilse Faust.